Sexuella kontakter mellan män är kriminaliserade och bestraffas med upp till livstids fängelse. Försök till samkönade handlingar bestraffas med upp till sju års fängelse. Samkönade handlingar mellan kvinnor förbjöds under 1990-talet och bestraffas med upp till sju års fängelse.

Samkönade par erkänns inte i lag. Äktenskap mellan personer av samma kön är förbjudet sedan 2005 och bestraffas med fängelse. Det finns inget skydd mot diskriminering eller hatbrott på grund av sexuell läggning eller könsidentitet.

Under 2009 uppmärksammades situationen för hbt-personer i Uganda internationellt i samband med att ett nytt lagförslag introducerades i landets parlament. Lagförslaget syftar till att motverka homosexualitet och har väckt avsky över stora delar av världen. Om det antas kommer det bland annat innebära att Uganda inför dödsstraff för upprepade homosexuella handlingar och livstids fängelse för alla andra homosexuella handlingar.